肝癌真正的成因和其他癌症一樣尚未十分明瞭，但下列五點是目前公認最有關係的：

1.     肝硬化：肝硬化可能是肝癌的先兆，也可能是造成肝癌之原因，任何原因造成肝硬化之後均有機會變化成肝癌。

2.     肝毒性物質：能使肝臟受損之毒性物質，其中最具代表性是由黴菌所產生的黃麴毒素。台灣由於溫度高、濕度大，徽菌易滋生，而食物中如稻米、玉米、花生等，是較易被黴菌污染而產生黃麴毒素。

3.     其他因素：免疫機轉的缺損、營養不良、感染、長期酗酒、嚼檳榔、服用過量藥物如類固醇、荷爾蒙、動情素及先天性新陳代謝之缺陷等，亦有報告和肝癌有關。

4.     B、C型肝炎病毒：中國是世界上有名的B、C型肝炎盛行區，依據上海醫科大學中山醫院統計，其肝癌住院病人中，乙肝標誌物陽性率達90%以上。且B型肝炎病毒證實可崁入肝細胞核內，可能造成細胞的變性，而形成日後的肝癌，且其家屬帶原率及肝癌之發生率亦比一般人高。